Description: Das Projekt "GABI RYE-EXPRESS: Establishing a high-density transcript map in rye based on stress-induced genes" wird vom Umweltbundesamt gefördert und von Technische Universität München, Wissenschaftszentrum Weihenstephan für Ernährung, Landnutzung und Umwelt, Lehrstuhl für Pflanzenzüchtung durchgeführt. Roggen zeichnet sich durch eine hohe Toleranz gegenüber abiotischen Stressfaktoren wie Trockenheit, Frost und Nährstoffmangel aus. Fehlende Genomsequenzinformationen haben bisher die Erforschung und Nutzung des genetischen Potentials erschwert, das für die Pflanzenzüchtung und Verbesserung der Sorten vorteilhaft wäre. Schwerpunkt des Projekts ist die Nutzung des genetischen Potentials durch Schaffung von Ressourcen für die funktionale Genomanalyse in Roggen. Hierzu wurden die Transkriptome von fünf Winterroggen-Inzuchtlinien mit Roche 454 Sequenziertechnik sequenziert. Durch Assemblierung der 'expressed sequence tags' (ESTs) wurde eine umfangreiche EST-Ressource geschaffen, die einen großen Anteil der exprimierten Gene im Roggen repräsentiert. In einer zweiten Assemblierung wurden Sequenzpolymorphismen zwischen den Inzuchtlinien identifiziert. Diese wurden zur Entwicklung von Mikrosatellitenmarkern ('simple sequence repeats', SSRs) und SNPs ('single nucleotide polymorphisms') genutzt. Es wurde ein SNP Genotypisierungsarray mit über 5000 SNP-Markern für die Hochdurchsatz-Genotypisierung erstellt. Diese SNP-Marker wurden in zwei spaltenden Nachkommenschaften im Roggengenom kartiert und damit eine hochdichte Trankriptkarte für Roggen erstellt. Damit sind die Voraussetzungen geschaffen, um detaillierte Analysen des Roggengenoms im Vergleich zu anderen Getreidearten und Referenzgenomen von Gräserarten wie Brachypodium, Sorghum und Reis durchzuführen. Dies erlaubt neue Einblicke in die Genomstruktur und Genomevolution des Roggens. Der SNP-Array wird auch genutzt, um populationsgenetische Parameter in diversen Roggenlinien zu erfassen und das Ausmaß des Kopplungsungleichgewichts zu bestimmen. Mit Hilfe der neu entwickelten Ressourcen für die Genomanalyse in Roggen werden genombasierte Zuchtstrategien in Roggen ermöglicht.
Types:
SupportProgram
Origin: /Bund/UBA/UFORDAT
Tags: München ? Roggen ? Reis ? Hirse ? Genom ? Getreide ? Genetik ? Kartierung ? Tracer ? Genetische Ressourcen ? Belastungsfaktor ? Stress ? Frost ? Karte ? Abiotischer Faktor ? Biotechnologie ? Flächennutzung ? Nährstoffmangel ? Pflanzenzüchtung ? Vergleichsanalyse ? Wasserknappheit ? Kenngröße ? Ressource ? Ressourcennutzung ? Züchtung ? Genexpression ? Genomanalyse ? Sequenzierung ?
Region: Bayern
Bounding box: 12.53381° .. 12.53381° x 47.795° .. 47.795°
License: cc-by-nc-nd/4.0
Language: Deutsch
Time ranges: 2008-01-01 - 2011-06-30
Webseite zum Förderprojekt
http://www.gabi.de/projekte-alle-projekte-neue-seite-185.php (Webseite)Webseite zum Förderprojekt
https://www.tib.eu/de/filter?repno=0315063A (Webseite)Accessed 1 times.