Description: Das Projekt "ERA-NET EUPHRESCO: Entwicklung und Validierung von innovativen Diagnosemethoden zum Nachweis von Feuerbrand (Erwinia amylovora)" wird/wurde gefördert durch: Bundesministerium für Land- und Forstwirtschaft, Umwelt und Wasserwirtschaft Österreich. Es wird/wurde ausgeführt durch: Österreichische Agentur für Gesundheit und Ernährungssicherheit GmbH (AGES).Feuerbrand wird durch ein Bakterium aus der Familie der Enterobacteriaceen, Erwinia amylovora, verursacht. Dieser in der EU/Richtlinie 2000/129 EG Anhang II gelistete Quarantäneschadorganismus führt an vielen Obst- und Zierpflanzen aus der Familie der Rosaceen zu Absterbeerscheinungen. Eine langfristige Bekämpfung dieser Pflanzenkrankheit erfordert eine Eradikation potentieller Infektionsquellen. Ein Ziel dieses EUPHRESCO-Pilotprojektes war die Entwicklung und Validierung von Methoden, die es ermöglichen, Stämme von E. amylovora zu differenzieren, um damit mögliche Inokulum-Quellen zu identifizieren (source-tracking). Zur Erreichung dieses Ziels wurden verschiedene Ansätze verfolgt: Die Sequenzierung des Genoms von E. amylovora und die Analyse der Plasmid-Diversität bzw. die Verteilung der verschiedenen Plasmide in E. amylovora - Stämme aus unterschiedlichen geographischen Regionen. In diesem Projekt wurden 14 verschiedene E. amylovora - Stämme sequenziert und anhand der Sequenzdaten molekulare Marker identifiziert und hinsichtlich ihrer Eignung für die genetische Typisierung von Stämmen validiert. Spezielle Sequenzen (VNTRs - Variable Number of Tandem Repeat) und die Plasmid-Typisierung waren für source-tracking geeignet. Mit Hilfe des VNTR-Systems wurden High-throughput PCR-Methoden entwickelt und validiert. Eine duplex-PCR wurde zur Typisierung der Plasmide pEA29 und pE170 entwickelt und validiert. Damit stehen zwei neue methodische Ansätze für ein source-tracking von E. amylovora zur Verfügung. Spezielle Probeziehungsplänen für source-tracking konnte aufgrund des engen Zeitrahmens des Projektes nicht erstellt werden. Die Verteilung der verschiedenen Plasmide in europäischen und außereuropäischen E. amylovora - Stämmen wurden mit einer duplex PCR untersucht. Es wurden 1534 verschiedene Stämme gescreent, dabei zeigte sich, dass die Prävalenz des Plasmides pE170 zwischen 0 und 92,8Prozent lag. Ein Screening von spanischen Stämmen ergab, dass das Plasmid pEA29 am häufigsten vorhanden ist. Das gemeinsame Auftreten von pE170 und pE29 ist selten (12Prozent), Stämme ohne die beiden Plasmide kommen fast gar nicht vor (0,7Prozent). Ein weiteres Ziel dieses Projektes war die Validierung von neu entwickelten und publizierten Feuerbrand-Nachweismethoden im Labor und im Freiland. Die Validierung erfolgte in zwei Stufen: Zur Auswahl geeigneter Methoden wurden Voruntersuchungen von verschiedenen Projektpartnern durchgeführt. Danach wurden ausgewählte Methoden in einem Ringtest validiert. Voruntersuchungen umfassten die Auswahl von DNA-Extraktionsmethoden, konventionellen PCR-Assays und real time PCR-Assays. 8 verschiedene DNA-Extraktionsmethoden wurden mit 11 unterschiedlichen Pflanzenmatrices getestet. Je vier Protokolle von DNA-Extraktionsmethoden und neuen konventionellen PCR-Assays wurden für eine Validierung im Ringtest ausgewählt. usw.
SupportProgram
Origins: /Bund/UBA/UFORDAT
Tags: Spanien ? Genom ? Getreide ? Obstbau ? Zierpflanze ? DNA ? Genetik ? Ringversuch ? Tracer ? Österreich ? Mehltau ? Probenaufbereitung ? Bakterien ? EU-Richtlinie ? Geographie ? Nachweisgrenze ? Pflanzenkrankheit ? Schadorganismus ? Europa ? Umweltveränderung ? Anreicherung ? Diversität ? Ernährungssicherheit ? Forstwirtschaft ? Wasserwirtschaft ? Probenahme ? Schädlingsbekämpfung ? Krankheit ? Krankheitserreger ? Landwirtschaft ? Birne ? Feuerbrand ? PCR-Technik ? Pflanze, Schädling ? Apfel ? Plasmid ? Sequenzierung ? Validierung ?
License: cc-by-nc-nd/4.0
Language: Deutsch
Time ranges: 2008-12-26 - 2010-04-08
Accessed 1 times.