Description: Das Projekt "Teilprojekt 12: Design und Implementierung von pilzspezifischen Microarrays ('EcoChips') für die Diagnostik" wird vom Umweltbundesamt gefördert und von Universität Bayreuth, Fachgruppe Biologie, Bayreuther Zentrum für Ökologie und Umweltforschung (BayCEER), Abteilung Mykologie durchgeführt. Der Verbund GBOL II wird weiter am Ausbau der ersten umfassenden 'DNA-Barcoding' - Gendatenbank der deutschen Flora und Fauna arbeiten. Die Universität Bayreuth übernimmt dabei insbesondere die Entwicklung von EcoChips für das Monitoring von Holz- und Pflanzengewebe-besiedelnden Pilzen ökonomisch relevanter Pflanzen- bzw. Baumarten. Das Konzept des EcoChip basiert auf der unabhängigen Analyse von Hybridisierungssignalen funktioneller und phylogenetischer Gene aus dem Metatranskriptom während eines einzigen Microarray-Experiments. Die verwendeten Microarraysonden beziehen sich zum einem auf verschiedene Domänen von Enzymen (Peroxidasen, Cellulasen usw.), welche im pilzlichen Metabolismus involviert sind, zum anderen auf Barcoding-Gene, die und a. im Rahmen von GBOL erhoben werden. Chip-Sonden werden v.a. abgeleitet von DNA-Barcoding-Sequenzen, welche im Rahmen der Teilprojekte SUB-WP2 und SUB-WP4 gewonnen werden. Das Design erfolgt nach Peršoh et al. (2012) und Weig et al. (2013). Insgesamt sind drei Entwicklungszyklen bzw. Chipgenerationen vorgesehen. Um deren Funktionsfähigkeit zu testen, werden von verschiedenen Standorten und Nutzpflanzenarten Gewebeproben genommen. Das isolierte Material mit den Mikroorganismen wird der direkten RNA-Isolation zugeführt. Gewonnene Gesamt-RNA wird entsprechend der Herkunft fluoreszenzmarkiert und der Hybridisierungsanalyse unterzogen. Nach einem Jahr wird eine erste Generation des EcoChip fertig gestellt sein, die anhand ausgewählter Substrate getestet wird. Nach dem zweiten Jahr wird eine zweite Generation fertiggestellt und anhand von Umweltproben getestet werden. Eine dritte Chip-Generation wird im letzten Jahr mit weiteren Proben getestet und feingetuned. Microarray Daten werden bei ArrayExpress (www.ebi.ac.uk) zusammen mit MIAME-Env (www.mged.org)-konformen Beschreibungen der Experimente hochgeladen. Nucleinsäure- Sequenzdaten werden bei GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov/) via GBOL und BOLD hinterlegt.
Types:
SupportProgram
Origin: /Bund/UBA/UFORDAT
Tags: Fluoreszenz ? Gen ? Substrat ? Genbibliothek ? Bundesrepublik Deutschland ? Baum ? DNA ? Mykologie ? Ökologie ? Holz ? Nutzpflanze ? Pflanzenart ? Enzym ? DNA-Barcoding ? Organisches Gewebe ? Monitoring ? Analyseverfahren ? Umweltforschung ? Mikroorganismen ? Pilz ? Pflanze ? DNA-Analyse ? Phylogenese ? Flora ? Standortbedingung ? Stoffwechsel ? Probenahme ? Fauna ? Genomanalyse ? Sequenzierung ? Transkription ? Hybridisierung [Nukleinsäure] ? RNA ? Eignungsprüfung ?
Region: Bayern
Bounding box: 12.53381° .. 12.53381° x 47.795° .. 47.795°
License: cc-by-nc-nd/4.0
Language: Deutsch
Time ranges: 2016-01-01 - 2018-12-31
Webseite zum Förderprojekt
https://www.bolgermany.de/wp/ (Webseite)Accessed 1 times.