Teilprojekt 10: DNA-Metabarcoding von Makrozoobenthos im Rahmen der EU Wasserrahmenrichtlinie (WRRL)

Description: Das Projekt "Teilprojekt 10: DNA-Metabarcoding von Makrozoobenthos im Rahmen der EU Wasserrahmenrichtlinie (WRRL)" wird vom Umweltbundesamt gefördert und von Universität Duisburg-Essen, Fachbereich Biologie und Geografie, Arbeitsgruppe Aquatische Ökosystemforschung durchgeführt. Der Verbund GBOL II wird weiter am Ausbau der ersten umfassenden DNA-Barcoding-Gendatenbank der deutschen Flora und Fauna arbeiten. Das Projekt der Universität Duisburg-Essen hat zwei Hauptziele: 1) Die Entwicklung von Feld- und Laborprotokolle für DNA-Metabarcoding, mit deren Hilfe die Biodiversität der wirbelloser Indikatorarten in Fließgewässern schnell und zuverlässig bestimmt werden können. 2) Entwicklung einer Software-basierte Analysepipeline. Mit Hilfe dieser sollen die erhobenen Werte in Qualitätswerte übersetzt werden. Für die Freiland-Beprobung sollen sowohl klassische (Multi-Habitat-Beprobung mit anschließender Sortierung) als auch neue Methoden (Homogenisieren kompletter Umweltproben inkl. anderer Bestandteile). Im Labor müssen passende degenerierte Fusionsprimer für die Amplifikation der Makrozoobenthos-Indikatortaxa entwickelt und deren Effizienz überprüft werden. Hierzu ist insbesondere die Datenbank aus dem GBOL-I-Projekt, sowie die selbst-entwickelte Primersoftware PrimerMiner nötig. Die Analysen der Proben erfolgen auf einem Illumina Next-Generation Sequencer (MiSeq bzw. NextSeq-Plattform, paired-end Sequenzierung). Die erhaltenen Proben werden mit bereits publizierten Analysenmethoden gefiltert und geclustert. Erhaltene Datensätze werden mit der gegenwärtigen Methode der Gewässerbewertung (via Software ASTERICS) unmittelbar verglichen, um Abweichungen zu identifizieren und die Methode des DNA-Metabarcoding mit Hinblick auf eine routinemäßige Anwendung zu optimieren.

Types:

SupportProgram

Origin: /Bund/UBA/UFORDAT

Tags: Genbibliothek ? Fließgewässer ? Bundesrepublik Deutschland ? Gentechnik ? Wirbellose ? Probenaufbereitung ? Software ? Makrozoobenthos ? Wasserrahmenrichtlinie ? DNA-Metabarcoding ? Gewässerbewertung ? Analyseverfahren ? Bioindikator ? Feldstudie ? Gewässerqualität ? Gewässerzustand ? Schnelltest ? Vergleichsanalyse ? Verbreitungsgebiet ? Ökosystemforschung ? DNA-Analyse ? Arbeit ? Datenbank ? Fauna ? Flora ? Probenahme ? Laboruntersuchung ? Biodiversität ? DNA-Amplifikation ? Probenart ? Sequenzierung ?

Region: Nordrhein-Westfalen

Bounding box: 6.76339° .. 6.76339° x 51.21895° .. 51.21895°

License: cc-by-nc-nd/4.0

Language: Deutsch

Organisations

• Bundesministerium für Bildung und Forschung (Bereitsteller*in)
• Generaldirektion der Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen Bayerns, Zoologische Staatssammlung München (ZSM) (Mitwirkende)
• Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung GmbH (Mitwirkende)
• Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart (Mitwirkende)
• Umweltbundesamt (Bereitsteller*in)
• Universität Bayreuth, Fachgruppe Biologie, Bayreuther Zentrum für Ökologie und Umweltforschung (BayCEER), Abteilung Mykologie (Mitwirkende)
• Universität Berlin, Zentraleinrichtung Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-Dahlem (Mitwirkende)
• Universität Bochum, Fakultät für Biologie und Biotechnologie, Lehrstuhl für Evolution und Biodiversität der Pflanzen, Arbeitsgruppe Geobotanik (Mitwirkende)
• Universität Bonn, Nees-Institut für Biodiversität der Pflanzen (Mitwirkende)
• Universität Bonn,Institut für Nutzpflanzenwissenschaften und Ressourcenschutz - INRES, Professur Agrar- und Produktionsökologie (APOEK) (Mitwirkende)
• Universität Duisburg-Essen, Fachbereich Biologie und Geografie, Arbeitsgruppe Aquatische Ökosystemforschung (Betreiber*in)
• Universität Gießen, Fachgebiet Biologie, Institut Botanik, Arbeitsgruppe Spezielle Botanik (Mitwirkende)
• Westfälische Wilhelms-Universität Münster, Institut für Evolution und Biodiversität (Mitwirkende)
• Zoologisches Forschungsmuseum Alexander König - Leibniz-Institut für Biodiversität der Tiere (Mitwirkende)

Time ranges: 2016-01-01 - 2018-12-31

Resources

• Webseite zum Förderprojekt

  https://www.bolgermany.de/wp/ (Webseite)

Status

Aktiv

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