Die Managementplanung im NP umfasst die Einzelpläne für die FFH-Gebiete und das Vogelschutzgebiet Stechlin. Für das mit einer Fläche von 3.465 ha nur anteilig betroffenen Vogelschutzgebiet Obere Havelniederung erfolgt keine eigenständige umfassende Planung. Die Erhaltungsziele für diesen Teil des Vogelschutzgebietes werden dargelegt, im Rahmen der weiteren Planungen beachtet und ggf. auch mit Maßnahmenvorschlägen unterlegt.
Der Managementplan in FFH-Gebieten basiert auf der Erfassung (Ersterfassung oder Aktualisierung) von Lebensraumtypen (Anhang I FFH-RL) und von Artenvorkommen (Anhang II) und deren Bewertung und dient der Ableitung notwendiger Maßnahmen zu deren Erhaltung, Entwicklung bzw. Wiederherstellung zu einem günstigen Erhaltungszustand. Des Weiteren dient er zur Ersterfassung der Arten der Anhangs IV FFH-RL. Da die Lebensraumtypen (LRT) und Arten im funktionalen Zusammenhang mit benachbarten Biotopen und weiteren Arten stehen, erfolgt die naturschutzfachliche Bestandsaufnahme und Planung für das gesamte FFH-Gebiet.
Die Ergebnisse der Natura-2000-Managementpläne fließen in die Pflege- und Entwicklungsplanung (PEP) ein. Die Erarbeitung der MP und des PEP erfolgen parallel.
Das FFH-Gebiet Stechlin und das Vogelschutzgebiet Stechlin sind weitestgehend deckungsgleich. Für diese Gebiete wird ein kombinierter Managementplan Natura2000 erstellt.
Die Managementplanung im NP umfasst die Einzelpläne für 24 FFH-Gebiete und für 4 Vogelschutzgebiete bzw. Teilen von Vogelschutzgebieten. Die Erhaltungsziele für die Teile der Vogelschutzgebiete im NP werden dargelegt, im Rahmen der weiteren Planungen beachtet und mit Maßnahmenvorschlägen unterlegt.
Der Managementplan in FFH-Gebieten basiert auf der Erfassung (Ersterfassung oder Aktualisierung) von Lebensraumtypen (Anhang I FFH-RL) und von Artenvorkommen (Anhang II) und deren Bewertung und dient der Ableitung notwendiger Maßnahmen zu deren Erhaltung, Entwicklung bzw. Wiederherstellung zu einem günstigen Erhaltungszustand. Des Weiteren dient er zur Ersterfassung der Arten der Anhangs IV FFH-RL. Da die Lebensraumtypen (LRT) und Arten im funktionalen Zusammenhang mit benachbarten Biotopen und weiteren Arten stehen, erfolgt die naturschutzfachliche Bestandsaufnahme und Planung für das gesamte FFH-Gebiet.
Da es sich bei dem FFH-Gebiet Klietzer Heide um einen aktiven Truppenübungsplatz handelt wird für dieses Gebiet kein Managementplan erstellt. Da das FFH-Gebiet ¿Mittlere Havel (Ergänzung) nur zu einem sehr kleinen Teil im Naturpark liegt wird für dieses Gebiet kein Managementplan erstellt.
Für große Teile des FFH-Gebietes "Niederung der Unteren Havel / Gülper See" und des Vogelschutzgebietes "Niederung der Unteren Havel" liegt ein aktueller Pflege- und Entwicklungsplan vor. Die Bearbeitung erfolgte im Rahmen des länderübergreifenden Gewässerrandstreifenprojektes "Untere Havelniederung zwischen Pritzerbe und Gnevsdorf" (Träger: Naturschutzbund Deutschland e.V.). Das Los N "Naturschutz, Auen und Gewässerökologie, Gesamtkoordination PEPL" wurde im Jahr 2008 fertig gestellt. Die Kartierungs- und Planungsdaten aus diesem Projekt werden übernommen und in den Managementplan Natura2000 integriert. Vollständige Kartierungen und Planungen erfolgen nur außerhalb der Kernflächen des o.g. Projektes und innerhalb der Kernfläche nur ergänzend zu den vorliegenden Daten.
Die Untere Havelniederung hat als naturnahe Fluss- und Auenlandschaft im Tiefland eine herausragende überregionale Bedeutung und bildet zusammen mit den angrenzenden Niederungen das größte zusammenhängende Feuchtgebiet im Binnenland des westlichen Mitteleuropas.
Für die Natura 2000-Gebiete von gemeinschaftlicher Bedeutung im Biosphärenreservat Schorfheide-Chorin (Flora-Fauna-Habitat(FFH) -Gebiete und Vogelschutzgebiete) sind gemäß § 26a Brandenburgisches Naturschutzgesetz (BbgNatSchG) Managementpläne zu erstellen. Die FFH-Gebiete im Biosphärenreservat Schorfheide-Chorin nehmen eine Fläche von 49.107 ha, Vogelschutzgebiete von 63.034 ha ein.
Die flächendeckende Pflege- und Entwicklungsplanung und die Managementplanung für die entsprechenden Teilflächen im Biosphärenreservat werden aufeinander abgestimmt und gegenseitig ergänzt. Da der Auftrag sowohl für den Pflege- und Entwicklungsplan als auch für den Managementplan an die gleiche Bietergemeinschaft gegangen ist, ist gewährleistet, dass die Ergebnisse des Natura 2000-Managementplans reibungslos in den Pflege- und Entwicklungsplan für das Biosphärenreservat einfließen.
Die Managementplanung im Biosphärenreservat umfasst die Einzelpläne für die FFH-Gebiete. Bezüglich der Vogelschutzgebiete werden nur die Flächen bearbeitet, die sich innerhalb der FFH-Gebietskulisse des Biosphärenreservats befinden. Die Bearbeitung der Teilgebiete außerhalb der FFH-Gebietskulisse des Biosphärenreservats ist Aufgabe des Pflege- und Entwicklungsplans. Da sich ein FFH-Managementplan i.d.R. auf ein FFH-Gebiet bezieht, werden teilweise auch Flächen bearbeitet, die außerhalb des Biosphärenreservates liegen.
Der Managementplan in FFH-Gebieten basiert auf der Erfassung (Ersterfassung oder Aktualisierung) von Lebensraumtypen und Arten und deren Bewertung. Die Erhebung umfasst die Lebensraumtypen gemäß Anhang I der FFH-Richtlinie (92/43/EWG) und die Arten des Anhangs II und IV der FFH-Richtlinie bzw. der Vogelschutzrichtlinie (79/409/EWG).
Der Managementplan dient der Konkretisierung der Erhaltungs- und Entwicklungsziele für Arten und Lebensraumtypen in den Natura 2000-Gebieten und darauf aufbauend der Ableitung notwendiger Maßnahmen zu ihrer Erhaltung und Entwicklung bzw. zur Wiederherstellung eines günstigen Erhaltungszustands. Dazu werden in den Jahren 2009 bis etwa Mitte 2012 umfangreiche Erfassungsarbeiten durchgeführt. Der restliche Projektzeitraum bis Ende 2013 ist für die Ableitung von Zielen und Maßnahmen vorgesehen. Durch einen planungsbegleitenden Fachbeirat ist sichergestellt, dass die Nutzungsinteressen der vom Pflege- und Entwicklungsplan im Biosphärenreservat Betroffenen Berücksichtigung finden.