Das Projekt "Teilprojekt 2" wird vom Umweltbundesamt gefördert und von Transinsight GmbH durchgeführt. Ziel von Transinsight im Go3R Projekt ist die Erstellung und der Betrieb der Go3R Plattform auf Basis der von den Partnern der Anwendungspakete erarbeiteten Spezifikation. Insbesondere werden die notwendigen Anpassungen an der mit GoPubMed existierenden Infrastruktur vorgenommen, um eine Semantische Suche auf dem Gebiet der Alterntivmethoden zum Tierversuch zu ermöglichen. Zusätzlich zu PubMed werden alternative, von den Partnern BASF und BfR festzulegende Dokumentquellen in die Suchplattform eingebunden. Die Softwareimplementierungen von in GoPubMed bereitgestellten Services werden für Go3R so erweitert, dass eine möglichst vollständige Sicht auf alle verfügbaren Dokumente mit Relevanz zu Reduktions-, Ersatz- und Verfeinerungsmethoden bewerkstelligt und eine Bewertung in Form eines Rankings möglich ist. TI implementiert einen Ontologieeditor in Go3R, mit dessen Hilfe die Partner TUD, BfR und BASF, als auch andere Nutzer der Plattform die zugrundeliegende Ontologie erweitern können. Der Editor beinhaltet Methoden zur automatischen Extraktion von Fachvokabular aus Fachtexten.
Das Projekt "Teilprojekt 3" wird vom Umweltbundesamt gefördert und von BASF SE durchgeführt. BASF wird vorgeben welche Informationen durch die semantische Suchmaschine Go3R gefunden werden sollen um toxikologische Prüfungen an Versuchstieren zu reduzieren, zu verfeinern oder zu ersetzen (reduce, refine, replace - 3R). BASF wird dann Go3R hinsichtlich ihres Nutzens für toxikologische Prüfungen in der chemischen Industrie testen. Die Ergebnisse dieser Tests werden in einem iterativen Prozess zur weiteren Verbesserung der Suchmaschine genutzt werden. Innerhalb des ersten Jahres wird BASF SE Anforderungen und Fragestellungen dokumentieren, die am Ende der Projektlaufzeit von Go3R erfüllt werden sollen. Dazu werden auch notwendige Dokumentquellen vorgeschlagen. In der folgenden Projektlaufzeit werden verschiedene Abteilungen der BASF die jeweils aktuelle Version evaluieren und hinsichtlich ihrer spezifischen Anforderungen/Anwendungsfälle testen. Als Resultat werden Test- und Fehlerprotokolle für den nächsten Schritt der Erarbeitung von Go3R erstellt und die existierende Ontologie hinsichtlich der Anwendungsfälle erweitert und verfeinert.
Das Projekt "Teilprojekt 1" wird vom Umweltbundesamt gefördert und von Technische Universität Dresden, Institut für Bioninformatik, Biotec durchgeführt. Die TUD koordiniert das Go3R Projekt und entwickelt darin ontologie-basierte Technologien, die für die systematische Verzahnung von Tierexperimenten und Alternativen sowie Methoden zur Bewertung der Wichtigkeit eines Dokumentes für spezifische Alternativmethoden zum Tierversuch für die Vernetzung der Experten in dem Gebiet anhand der fachlichen Inhalte ihrer Arbeit benötigt werden und in die semantischen Suchplattform Go3R integriert werden können. TUD leitet die inhaltliche und funktionale Weiterentwicklung der Go3R Suchplattform. TUD unterstützt die Partner der Anwendungspakete bei der Definition von Rechercheaufgaben zu Anwendungsfällen die potentiell zur Reduktion von Tierexperimenten von sinnesphysiologisch hochentwickelten Arten beitragen können. Anhand dieser Fragestellungen wird die Suchplattform Go3R und die Ontologie weiterentwickelt. Bei der Ontologieentwickelung hat TUD den Hauptanteil und vergibt einen Auftrag an die 3R-Expertin Frau Ursula G. Sauer, die bereits erfolgreich an der vom BfR finanzierten Machbarkeitsstudie mitgearbeitet hat. TUD entwickelt neue semantische Methoden, die ein Identifizieren von Experten, Projektpartnern und Gutachtern ermöglichen und es erlauben Services zu entwickeln, die die Nutzer von Go3R über neu hinzukommenden Informationen (z. B. Dokumente, Kommentare, Verordnungen) zu den von Ihnen definierten 3R relevanten Bereichen informieren. Als Grundlage für eine performante semantische Suchmaschine entwickelt TUD Strategien zur semantischen Indexierung von Ontologietermen, Autoren und Nennungen von Tierversuchen oder Alternativen, sowie Strategien zu Aktualisierung heterogener Dokumentquellen mit 3R-Bezug. Die wird das im Antrag formulierte Ziel der Netzwerkbildung und Sichtbarkeit 3R-relevanter Sachverhalte für einzelne Dokumente, aber auch Personen oder Wissensbereiche erhöhen. Durch die Erforschung von semantischen Rankingmethoden wird ein Relevanzranking für von Go3R gefundene Dokumente ermöglicht.