Die Managementplanung im NP umfasst die Einzelpläne für 24 FFH-Gebiete und für 4 Vogelschutzgebiete bzw. Teilen von Vogelschutzgebieten. Die Erhaltungsziele für die Teile der Vogelschutzgebiete im NP werden dargelegt, im Rahmen der weiteren Planungen beachtet und mit Maßnahmenvorschlägen unterlegt.
Der Managementplan in FFH-Gebieten basiert auf der Erfassung (Ersterfassung oder Aktualisierung) von Lebensraumtypen (Anhang I FFH-RL) und von Artenvorkommen (Anhang II) und deren Bewertung und dient der Ableitung notwendiger Maßnahmen zu deren Erhaltung, Entwicklung bzw. Wiederherstellung zu einem günstigen Erhaltungszustand. Des Weiteren dient er zur Ersterfassung der Arten der Anhangs IV FFH-RL. Da die Lebensraumtypen (LRT) und Arten im funktionalen Zusammenhang mit benachbarten Biotopen und weiteren Arten stehen, erfolgt die naturschutzfachliche Bestandsaufnahme und Planung für das gesamte FFH-Gebiet.
Da es sich bei dem FFH-Gebiet Klietzer Heide um einen aktiven Truppenübungsplatz handelt wird für dieses Gebiet kein Managementplan erstellt. Da das FFH-Gebiet ¿Mittlere Havel (Ergänzung) nur zu einem sehr kleinen Teil im Naturpark liegt wird für dieses Gebiet kein Managementplan erstellt.
Für große Teile des FFH-Gebietes "Niederung der Unteren Havel / Gülper See" und des Vogelschutzgebietes "Niederung der Unteren Havel" liegt ein aktueller Pflege- und Entwicklungsplan vor. Die Bearbeitung erfolgte im Rahmen des länderübergreifenden Gewässerrandstreifenprojektes "Untere Havelniederung zwischen Pritzerbe und Gnevsdorf" (Träger: Naturschutzbund Deutschland e.V.). Das Los N "Naturschutz, Auen und Gewässerökologie, Gesamtkoordination PEPL" wurde im Jahr 2008 fertig gestellt. Die Kartierungs- und Planungsdaten aus diesem Projekt werden übernommen und in den Managementplan Natura2000 integriert. Vollständige Kartierungen und Planungen erfolgen nur außerhalb der Kernflächen des o.g. Projektes und innerhalb der Kernfläche nur ergänzend zu den vorliegenden Daten.
Die Untere Havelniederung hat als naturnahe Fluss- und Auenlandschaft im Tiefland eine herausragende überregionale Bedeutung und bildet zusammen mit den angrenzenden Niederungen das größte zusammenhängende Feuchtgebiet im Binnenland des westlichen Mitteleuropas.