Die Managementplanung im NP umfasst die Einzelpläne für die FFH-Gebiete und das Vogelschutzgebiet Stechlin. Für das mit einer Fläche von 3.465 ha nur anteilig betroffenen Vogelschutzgebiet Obere Havelniederung erfolgt keine eigenständige umfassende Planung. Die Erhaltungsziele für diesen Teil des Vogelschutzgebietes werden dargelegt, im Rahmen der weiteren Planungen beachtet und ggf. auch mit Maßnahmenvorschlägen unterlegt.
Der Managementplan in FFH-Gebieten basiert auf der Erfassung (Ersterfassung oder Aktualisierung) von Lebensraumtypen (Anhang I FFH-RL) und von Artenvorkommen (Anhang II) und deren Bewertung und dient der Ableitung notwendiger Maßnahmen zu deren Erhaltung, Entwicklung bzw. Wiederherstellung zu einem günstigen Erhaltungszustand. Des Weiteren dient er zur Ersterfassung der Arten der Anhangs IV FFH-RL. Da die Lebensraumtypen (LRT) und Arten im funktionalen Zusammenhang mit benachbarten Biotopen und weiteren Arten stehen, erfolgt die naturschutzfachliche Bestandsaufnahme und Planung für das gesamte FFH-Gebiet.
Die Ergebnisse der Natura-2000-Managementpläne fließen in die Pflege- und Entwicklungsplanung (PEP) ein. Die Erarbeitung der MP und des PEP erfolgen parallel.
Das FFH-Gebiet Stechlin und das Vogelschutzgebiet Stechlin sind weitestgehend deckungsgleich. Für diese Gebiete wird ein kombinierter Managementplan Natura2000 erstellt.