Das Projekt "SO 254 - PORIBACNEWZ: Funktionelle Biodiversität von Bakteriengemeinschaften und ihrem Metabolom in der Wassersäule, dem Sediment und in Schwämmen des Süd-West Pazifiks um Neuseeland" wird vom Umweltbundesamt gefördert und von Carl von Ossietzky Universität Oldenburg, Institut für Chemie und Biologie des Meeres durchgeführt. Das Ziel der geplanten Untersuchungen ist eine umfassende und detaillierte Analyse der strukturellen und funktionellen Biodiversität und der biogeochemischen Rolle der Roseobacter Gruppe in Bakteriengemeinschaften der Wassersäule, des Sediments und in Schwämmen. Zudem soll die strukturelle und funktionelle Biodiversität, sowie die chemische Ökologie der schwamm-assoziierten Bakterien im Allgemeinen und der Tiefwasser-Schwämme selbst untersucht werden. Der Arbeitsplan beinhaltet verschiedene Methoden um die Diversität, Abundanz und den Metabolismus der Roseobacter Gruppe mittels in situ Wasserproben, die mit einem Wasserkranzschöpfer (CTD) gesammelt werden, zu untersuchen. Die Bakteriengemeinschaften sollen nach aufwendiger Abfiltration an Bord schließlich am Heimatinstitut mit verschiedenen molekularbiologischen Methoden untersucht werden. In situ Wasserproben werden mit Festphasen Extraktion aufgearbeitet, um mit Hilfe von FT-ICR-MS die Zusammensetzung des DOM zu analysieren. Für die Analysen der Neodym-Isotope werden ebenfalls Wasserproben an Bord konzentriert. Sedimentkerne werden entweder mit dem Multicorer (MUC) oder dem ROV gewonnen. Aus dem Sediment werden Bakterien isoliert und deren Biodiversität mit molekularbiologischen Methoden untersucht. Schwämme werden entlang vertikaler Tiefengradienten mit dem ROV gesammelt. Die Schwammproben werden mit unterschiedlichsten chemischen und mikrobiologischen Methoden an Bord aufgearbeitet, um eine detaillierte Untersuchung der Biodiversität und Abundanzen der Roseobacter- und schwamm-assoziierten Bakterien zu ermöglichen. Schwammproben werden zusätzlich zur Isolierung von assoziierten Bakterien genutzt und mit verschiedenen Protokollen aufgearbeitet, um spätere molekulare, metagenomische und phylogenetische Analysen zu ermöglichen. Physiologische in situ Experimente mit Unterwasser Inkubationskammern sollen Einblicke in die Physiologie der Schwämme und ihrer assoziierten bakteriellen Gemeinschaft geben.
Das Projekt "Teilprojekt Z02: Erfassung und Nutzung des Stoffwechselpotenzials und molekulare Charakterisierung von unkultivierten Vertretern der Roseobacter-Gruppe" wird vom Umweltbundesamt gefördert und von Universität Göttingen, Institut für Mikrobiologie und Genetik - Genomische und Angewandte Mikrobiologie durchgeführt. In diesem Projekt soll das genomische Potenzial und wichtige Funktionen von Roseobacter- Populationen mittels kultivierungsunabhängigen metagenomischen und metatranskriptomischen Ansätzen analysiert werden. Um gen- und taxonspezifische Muster und metabole Schlüsselfunktionen dieser Gruppe zu identifizieren, werden Stoffwechsel- und funktionelle Profile von repräsentativen Proben aus der Nordsee, dem Südpolarmeer, von Biofilmen und Mesokosmen mittels modernster Pyrosequencing-Methodik untersucht. Außerdem werden Metagenombanken angelegt und hinsichtlich wichtiger Funktionen gesichtet, z.B. Genen mit Bedeutung bei Quorum Sensing, Energiestoffwechsel und der Sekundärstoffsynthese.