Die Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) folgt dem Grundsatz, dass Flussgebiete als Ganzes zu betrachten und zu bewirtschaften sind. Für die praktische Arbeit – z. B. für die Erarbeitung der Bewirtschaftungspläne oder für die Bestandsaufnahme des Zustands der Seen – werden aber handhabbare Untereinheiten gebildet. Wasserkörper stellen hierbei die kleinste Einheit dar, die die WRRL betrachtet. Das WRRL-Monitoring bezieht sich in Schleswig-Holstein auf 73 Wasserkörper mit jeweils einer Seefläche von mehr als 50 ha, davon sind 62 Seen natürlich und elf Seen künstlich entstanden. Hinsichtlich dieser Seen ist Deutschland berichtspflichtig gegenüber der EU.
Diese Fachaufgabe bündelt Erkenntnisse aus Untersuchungen biotischer und abiotischer Parameter und schlägt übergreifende Maßnahmen zum Schutz und zur Regeneration von Seen vor. Diese fachlichen Grundlagen gehen in die Umsetzung der WRRL ein.
Die Aufgaben des Dezernates 43 - Seen erstrecken sich über die Tätigkeitsbereiche: - Umsetzung der EG-WRRL an Seen, - Untersuchung der Lebensgemeinschaften von Seen, - Untersuchung des Wasser- und Stoffhaushalt von Seen - Bewertung der Seen, - Erarbeitung von Konzepten und Mitwirkung bei der Sanierung bzw. Restaurierung von Seen und - Fortschreibung der Seenstammdaten https://www.schleswig-holstein.de/DE/landesregierung/themen/kueste-wasser-meer/seen/seen_node.html