Als Klarwasserseen gelten die Seen, die ganzjährig hohe Sichttiefen haben bzw. besonders nährstoffarm sind und daher eine ausgeprägte Unterwasservegetation aus Armleuchteralgen- oder Laichkrautgesellschaften aufweisen. Die Auswahl der 124 Klarwasserseen im Shape basiert auf der limnochemischen Untersuchung von 310 Seen zwischen 2009 und 2021. Ausschlaggebend ist somit der aktuelle Zustand, nicht das Leitbild/der Referenzzustand für die Seen. Zur Auswahl wurden die folgenden Kriterien angesetzt: Trophie = oligotroph und mesotroph oder Saisonmittel der Sichttiefe über 2,5 Meter oder Saisonmittel Gesamtphosphor kleiner 35 Mikrogramm pro Liter. Unter den ausgewählten Seen befinden sich somit die wertvollsten und sensibelsten Seen des Landes Brandenburg. Die Seenkulisse hat u. a. Relevanz für die Umsetzung verschiedener Maßnahmen zum Gewässerschutz.