Die überblicksweise Überwachung dient der Bewertung des Zustands und langfristiger Veränderungen und wird in Schleswig-Holstein an den fünf großen Seen größer 10 km² Seefläche durchgeführt. Eine überblicksweise chemische Überwachung findet mindestens einmal in sechs Jahren statt. Bei der biologischen Überwachung der Seen liegt das Intervall bei einem bis drei Jahren.
Derzeit werden die allgemeinen physikalisch-chemischen Parameter (ACP) in 72 Wasserkörpern und die flussgebietsspezifischen Schadstoffe in 73 Wasserkörpern untersucht. Die flussgebietsspezifischen Schadstoffe und die ACP werden zur unterstützenden Bewertung des ökologischen Zustandes der Seen herangezogen. Im Rahmen des chemischen Monitorings für die WRRL wird je See eine repräsentative Messstelle, welche zumeist an der tiefsten Stelle liegt, beprobt. Die ACP Gesamtphosphorkonzentration und Sichttiefe werden bei den Seen anhand von sogenannten Orientierungswerten beurteilt. Sie dienen in der Regel der Plausibilisierung der Bewertung anhand der biologischen Qualitätskomponenten. Die flussgebietsspezifischen Schadstoffe beziehen sich sowohl auf die Wasserphase als auch auf das Sediment. Sie gehen nach dem one out all out Prinzip in die Bewertung des ökologischen Zustandes ein. Ist eine Umweltqualitätsnorm überschritten, kann demnach der ökologische Zustand höchstens mäßig sein.
Die operative Überwachung wird an 67 Seen mit einer Seefläche größer 50 ha durchgeführt, welche die geltenden Umweltziele wahrscheinlich nicht erfüllen, um das Ausmaß und die Auswirkung der Belastungen und die Wirkung der durchgeführten Maßnahmen beurteilen zu können, sowie an Wasserkörpern, in die prioritäre Stoffe eingeleitet werden. Hierbei werden solche biologischen Qualitätskomponenten und stoffliche Parameter überwacht, die auf die Belastungen am empfindlichsten bzw. deutlichsten reagieren. Der Untersuchungsumfang wird während des Bewirtschaftungszeitraums den Erfordernissen angepasst.
Derzeit wird das Phytoplankton an 78 Wasserkörpern untersucht. Für die WRRL werden fünf Wasserkörper in der überblicksweisen Überwachung und 67 Wasserkörper im operativen Messnetz anhand des Phytoplanktons untersucht. Weiterhin sind sechs nicht berichtspflichtige Seen kleiner 50 ha im regelmäßigen Monitoring, darunter in SH besonders seltene und schützenswerte Seetypen, wie die karbonatarmen Weichwasserseen sowie Seen, die ökologisch noch weitgehend intakt sind.