Das Forschungsprojekt NORAH wird von der NPZ Innovation GmbH (NPZi) und der Abteilung für Molekulare Phytopathologie und Biotechnologie der Universität Kiel mit dem Ziel beantragt, die technischen und wissenschaftlichen Voraussetzungen für die Züchtung von Rapssorten mit hoher Resistenz gegen die Weißstängeligkeit (Sclerotinia sclerotiorum) zu schaffen. Die NPZi verfügt über Rapslinien mit hoher quantitativer Resistenz gegen Sclerotinia. Diese Resistenz wurde in Biotests mit nicht-adaptiertem Material identifiziert und durch Kreuzung kombiniert. Über die physiologische Ursache dieser Resistenz und deren genetische Veranlagung ist nichts bekannt und eine Selektion der Resistenz erfolgt bisher über aufwendige Biotests. Im Rahmen der vorliegenden Projektskizze sollen genetische und molekulare Analysen der vorliegenden Sclerotinia-Resistenz erforscht werden. Dies beinhaltet die Identifikation von Regionen innerhalb des Rapsgenoms, die mit der Resistenz gekoppelt sind (QTL). Untersuchungen an Genen innerhalb der QTL sollen Aufschlüsse über molekulare Mechanismen der Sclerotinia-Resistenz ermöglichen. Zudem sollen Testhybriden mit den Resistenzdonoren erstellt werden, um die Dominanz der Resistenz festzustellen und um zu untersuchen, welche Bedeutung additive Effekte in der Ausprägung quantitativer Sclerotionia-Resistenz besitzen. Es wird erwartet, dass mehrere QTL für die Expression der Sclerotinia-Resistenz verantwortlich sind und sich diese im Rapsgenom lokalisieren lassen. Sequenzanalysen innerhalb der QTL ermöglichen die Entwicklung spezifischer molekularer Marker für die Selektion von Rückkreuzungsnachkommen. Im Ergebnis können molekulare Marker und adaptierte Linien mit hoher quantitativer Sclerotinia-Resistenz für die Raps-Hybridzüchtung zur Verfügung gestellt werden. Aus wissenschaftlicher Sicht ermöglichen die genetischen/molekularen Analysen neue Einblicke in konstitutive oder induzierte Prozesse als Ursache für quantitative Resistenzmechanismen.
Dieses Projekt hat zum Ziel, die Mechanismen der Resistenz gegen den Echten Mehltau (E. necator) aufzuklären, die am Haupt-QTL Locus Ren3 auf Chromosom 15 von Regent kodiert sind.Zur Sequenzanalyse des Locus müssen vorhandene genomische Teilsequenzen aus der Region weiter assembliert werden. Die resultierenden Contigs sind durch PCR Verfahren zu überprüfen. Das Schließen noch bestehender Lücken durch long range PCR ist anzustreben. Bioinformatorische Analysen (Ermittlung kodierender Bereiche, Datenbankabgleiche) werden in den Sequenzen positionelle Kandidatengene für die Resistenz identifizieren. Diese Kandidatengene werden auf ihre funktionelle Bedeutung hin untersucht. Dazu dienen Genexpressionsanalysen an resistenten und anfälligen Reben im Zusammenhang mit mikroskopischen Beobachtungen der Wirt/Pathogeninteraktion in frühen Stadien der pflanzlichen Abwehr.Vergleichende Diversitätsstudien der Kandidatengene an einem umfangreichen Probensatz resistenter und anfälliger Reben werden Sequenzvarianten und Einzelnukleotidaustausche (single nucleotide polymorphisms, SNPs) aufzeigen. Diese werden durch QTL Analyse und Assoziationsgenetik auf ihre Korrelation mit der Resistenzausprägung hin untersucht, womit zusätzliche Hinweise auf ihre funktionelle Bedeutung erhalten werden. Letztendlich ist ein Modell der erfolgreichen Abwehr bei Regent zu entwickeln. Wichtige Kandidatengene aus diesen Arbeiten sind durch Transformation in anfällige Rebsorten einzuführen und schließlich durch Test der transgenen Reben in ihrer Funktion zu validieren.Mit diesem Projekt und der Erarbeitung der Resistenzmechanismen wird eine Grundlage zur verbesserten züchterischen Nutzung der Resistenzloci in der Kombinationszüchtung für pyramidisierte, nachhaltige Resistenz geschaffen. Eng Merkmals-korrelierende (SNP) Marker werden erarbeitet, die in der Marker-gestützten Züchtung im Hochdurchsatz angewandt werden können.
Termiten der Unterfamilie Macrotermitinae besitzen in den Savannen Afrikas und Asien eine große ökologische und ökonomische Bedeutung. Diese Termitengruppe züchtet Pilze, durch die sie ein breiteres Nahrungsspektrum nutzen kann. Aufgrund der geringen morphologischen Differenzierung sind die taxonomischen Verhältnisse dieser Termitengruppe ungesichert und deren Phylogenie unklar. Anhand von Sequenzen des mitochondrialen Gens Cytochromoxidase II erfolgt für die Macrotermitinae eine phylogenetische Analyse und, gestützt durch eine Erfassung historischer, tektonischer sowie klimatischer Ereignisse, eine Datierung allopatrischer Speziation.
Die Fluoreszenz in situ Hybridisierung (FISH) als Kombination molekulargenetischer und cytologischer Methoden erlaubt erstmals eine sichere Unterscheidung von Brassica Genomen. In B.caninata (BBCC) und B.juncea (AABB) konnte das B-Genom mittels Genomischer Fluoreszenz in situ Hybridisierung (GISH) markiert werden. Dies erlaubt die Verfolgung von Fremdchromatin des B-Genoms in Artkreuzungen und ihren Rückkreuzungen. Translokationen, Additions- und Substitutions-Chromosomen sollen in schon selektierten Artkreuzungen und ihren Rückkreuzungs-Nachkommen nachgewiesen werden. In der Meiose soll das Paarungsverhalten der Genome untersucht werden, weil mit GISH jetzt zwischen Homologen- und Homöologenpaarung unterschieden werden kann. Homöologenpaarungen ermöglichen intergenomische Rekombinationen, die bei Artkreuzungen zu einem stabilen Einbau neuer Methoden führen können. Die beiden Genome von B.napus (AACC) lassen sich nicht mit GISH unterscheiden, weil sie sich zu ähnlich sind. Es sollen genomspezifische Sequenzen selektiert werden, die lang genug sind, um Fluoreszenz-Signale zu erkennen. Mit diesen Sonden lassen sich nicht nur die beiden Genome unterscheiden, sondern je nach Sonde auch einzelne Chromosomen identifizieren
Objective: The proposed experiments aim to gain more insight into the biological efficiency of lighter ions at different biological levels for the induction and repair of DNA strand breaks in both chromosomal and plasmid DNA. General Information: Description of research work. In the last ten years, heavy charged particles have been used in radiobiological experiments more extensively than before. This development has basically two reasons: the increasing use of these particles in radiotherapy and radioprotection problems of manned space flights. In radiotherapy, approximately ten thousand patients have been treated with charged particles (mostly protons) with extraordinary success. Because of the better dose distribution and the increased relative biological efficiency at the end of the particle range, a strong trend is visible toward a treatment with heavier ions (e.g. carbon or neon ions). In manned space flights outside the shielding of the magnetosphere of the earth which are proposed by NASA and ESA, the heavy component of cosmic radiation pose a major risk for the health of the astronauts. In the case of the solar flare, lethal doses of protons can be reached even in short excursions outside the space craft. For long term space flights the risk of cancer induction is also important because the highly energetic heavy ions cannot be shielded very efficiently by the spacecraft and the radiation risk accumulates with time (i.e. over the duration of the flight). In both cases, radiotherapy and radioprotection in space, more information is needed on the inactivation process caused by the particle radiation where the data for lighter ions are scarce. But almost no information exists on the genetic risk caused by heavy charged particles. In addition, no theoretical approach exists which allows calculation of the biological effects with sufficient accuracy. Also the molecular nature of the very slowly restoring breaks has not been explored. In order to gain more molecular information, DNA damage of genetically well known plasmid sequences inserted in mammalian cells should be studied in greater detail, and new methods in gene technology should be used to analyse induced DNA damage. In the proposed experiments both approaches will be started and used to analyze the complexity of particle induced DNA damage. In summary, the radiobiological effects of charged particles like protons or heavier ions are of great importance for the development of heavy particle radiotherapy as well as for the estimation of the radiation risk in manned space flights. Because a unique theory of the RBE does not exist up to now, the radiobiological effects of the particle radiation have to be measured in detail. ... Prime Contractor: Gesellschaft für Schwerionenforschung mbH; Darmstadt; Germany.
Vorhabensziel: SUNRISE zielt darauf ab, das Spektrum an ölproduzierenden Kulturpflanzen für europäische Märkte zu erweitern. Innerhalb des Projektes sollen Grundlagen für die genombasierte Züchtung als Voraussetzung für die langfristige Wettbewerbsfähigkeit von Sonnenblume gelegt werden. Zur Identifizierung von Resistenzgenen gegen den Falschen Mehltau (Plasmopara halstedii) werden innovative Züchtungsstrategien wie Hochdurchsatz-Sequenzierung und -Genotypisierung zur Anwendung kommen. Diese dienen der Charakterisierung und Klonierung des PlARG-Resistenzlocus auf Kopplungsgruppe 1. Eine detaillierte Haplotypenanalyse des Genortes wird die Marker-basierte Introgression dieser Resistenz in Elitematerial beschleunigen. Arbeitsplanung: Mithilfe einer F2-Kartierungspopulation soll der PlARG-Resistenzlocus auf Kopplungsgruppe 1 feinkartiert werden. Anhand von SSR-Markeranalysen werden rekombinante Linien identifiziert. Die Genotypisierung soll durch SNP- Detektion/Verifizierung erfolgen. Nach Phänotypisierung der F3-Generation und Kartierung werden Marker für MAS ausgewählt. Basierend auf vergleichender Sequenzanalyse zwischen einem anfälligen und einem resistenten bulk sowie dem resistenten Elter wird anhand ermittelter SNPs eine Vorhersage über Kandidatengene auf Kopplungsgruppe 1 getroffen. Für die Genomanalyse werden NGS-basierte Sequenzierungen durchgeführt.
Die Remipedia zählen zu den bemerkenswertesten zoologischen Neufunden der letzten 30 Jahre. Diese Gruppe blinder und pigmentloser Höhlenkrebse wurde erst 1980 während eines Tauchgangs auf den Bahamas entdeckt. Obwohl inzwischen 16 Arten beschrieben worden sind, sind einige fundamentale biologische Aspekte der Remipedia immer noch gänzlich unbekannt. So weiß man zum Beispiel nicht, wie sich Remipedien fortpflanzen und entwickeln. Auch ist relativ wenig über die Ökologie und das Verhalten dieser Krebse bekannt. Das primäre Ziel dieses Forschungsprojekts ist eine Analyse der Verwandtschaftsbeziehungen innerhalb der Remipedia an Hand genetischer Sequenzen sowie morphologischer Datensätze. Darüber hinaus soll die stammesgeschichtliche Stellung der Gruppe innerhalb der Crustacea näher bestimmt werden. Um die phylogenetischen Beziehungen der Remipedia zu analysieren, wird eine Matrix aus 35-40 morphologischen Merkmalen erstellt. Zusätzlich werden fünf mitochondriale und vier nukleare Gene sequenziert. Dieses Forschungsprojekt beinhaltet erstmalig eine umfangreiche Analyse molekularer und morphologischer Daten für alle Arten einer höheren Gruppe der Crustacea. Die Kombination verschiedener Datensätze und -typen liefert die Grundlage für eine rigorose phylogenetische Analyse der Gruppe. Hierdurch wird zum einen eine stabile taxonomische Revision der Remipedia ermöglicht und, zum anderen, ein weiterer wichtiger Schritt zur Vervollständigung der Tree of Life-Initiative geleistet. Die umfangreiche Selektion genetischer Marker erlaubt außerdem die Evaluierung geeignete Kandidaten-Gene für universelle Standardverfahren bei der Identifizierung von Arten (Bar-Coding).
Viele pflanzenpathogene Pilze können auf befallenen Wirtspflanzen toxische Sekundärmetaboliten bilden. Im Mittelpunkt bisheriger Forschungen standen jene Substanzen, die in Getreide und daraus hergestellten Lebens- und Futtermitteln in für Mensch und Tier gesundheitsgefährdenden Mengen vorkommen. Pilze der Gattung Fusarium sind in Europa die wichtigsten Mykotoxin-Produzenten. Sie verursachen Ährenbleiche bei Weizen und anderen Getreidearten und Kolbenfäule bei Mais. In den genetischen Ressourcen und im Zuchtmaterial sind nur polygen vererbte, quantitative Unterschiede vorhanden. Die molekulare Basis von Chromosomenabschnitten, die zu erhöhter Fusarium-Resistenz beitragen, ist weitgehend unbekannt. Das Ziel unseres Projektes ist es durch ein verbessertes Verständnis der Rolle von Pilzmetaboliten in der Ausbildung von Pflanzenkrankheiten zu einem verbesserten Verständnis von Resistenz-Komponenten in der Pflanze zu kommen. Mit Hilfe moderner Methoden der Genom- und Metabolom-Forschung soll Pflanzenzüchtung von einer rein empirischen zu einer auf dem Verständnis molekularer Vorgänge basierenden Wissenschaft werden. Dies sollte es erleichtern, Fusarium-resistente Getreidesorten mit niedrigem Mykotoxingehalt zu züchten. Das Projekt basiert auf der Arbeitshypothese, dass necrotrophe Pilze wie Fusarium eine Vielzahl von Metaboliten bilden können, die die Pathogenabwehr unterdrücken, womit der ungewöhnlich große Wirtsbereich erklärbar wäre. Die bioinformatische Analyse der vollständigen Genomsequenz von Fusarium graminearum ergab, dass dieser Organismus über eine Vielzahl an Genen für Enzyme zur Bildung von Sekundärmetaboliten verfügt (15 Polyketid-Synthasen, 20 nicht-ribosomale Peptid-Synthasen und 17 Terpenoid-Synthasen). Für die meisten dieser Gene ist kein zugehöriger Metabolit bekannt. Ein wesentliches Ziel des vorliegenden Projektes ist es durch funktionelle Genomik (mittels Gendisruption) und mittels hochentwickelter Metabolom-Analysemethoden solche neuen Suppressor-Metaboliten zu identifizieren. Wenn diese Substanzen verfügbar sind, soll ihr Wirkungsmechanismus in Modellpflanzen untersucht werden. Weites soll die Transkriptom-Veränderung nach Pathogen-Infektion bzw. Elicitor-Behandlung und Toxinbehandlung untersucht werden. Wir beabsichtigen Zuchtmaterial daraufhin zu untersuchen, ob die Fähigkeit bekannte und neue Fusarium-Metaboliten zu inaktivieren in unterschiedlichem Ausmaß ausgeprägt ist. Die Validierung von Kandidatengenen soll durch Analyse von Defektmutanten (aus dem Screening einer TILLING-Population) und durch Überexpression der Kandidatengene in transgenem Weizen erfolgen. Der interdisziplinäre Ansatz, der Forscher aus Gebieten wie Bioinformatik, funktionelle Pilzgenomik, Genomanalyse von Modell- und Nutzpflanzen bis zur Pflanzenzüchtung an einem Strang ziehen lässt, ist ein Alleinstellungsmerkmal dieses Projektes.
Viele pflanzenpathogene Pilze können auf befallenen Wirtspflanzen toxische Sekundärmetaboliten bilden. Im Mittelpunkt bisheriger Forschungen standen jene Substanzen, die in Getreide und daraus hergestellten Lebens- und Futtermitteln in für Mensch und Tier gesundheitsgefährdenden Mengen vorkommen. Pilze der Gattung Fusarium sind in Europa die wichtigsten Mykotoxin-Produzenten. Sie verursachen Ährenbleiche bei Weizen und anderen Getreidearten und Kolbenfäule bei Mais. In den genetischen Ressourcen und im Zuchtmaterial sind nur polygen vererbte, quantitative Unterschiede vorhanden. Die molekulare Basis von Chromosomenabschnitten, die zu erhöhter Fusarium-Resistenz beitragen, ist weitgehend unbekannt. Das Ziel unseres Projektes ist es durch ein verbessertes Verständnis der Rolle von Pilzmetaboliten in der Ausbildung von Pflanzenkrankheiten zu einem verbesserten Verständnis von Resistenz-Komponenten in der Pflanze zu kommen. Mit Hilfe moderner Methoden der Genom- und Metabolom-Forschung soll Pflanzenzüchtung von einer rein empirischen zu einer auf dem Verständnis molekularer Vorgänge basierenden Wissenschaft werden. Dies sollte es erleichtern, Fusarium-resistente Getreidesorten mit niedrigem Mykotoxingehalt zu züchten. Das Projekt basiert auf der Arbeitshypothese, dass necrotrophe Pilze wie Fusarium eine Vielzahl von Metaboliten bilden können, die die Pathogenabwehr unterdrücken, womit der ungewöhnlich große Wirtsbereich erklärbar wäre. Die bioinformatische Analyse der vollständigen Genomsequenz von Fusarium graminearum ergab, dass dieser Organismus über eine Vielzahl an Genen für Enzyme zur Bildung von Sekundärmetaboliten verfügt (15 Polyketid-Synthasen, 20 nicht-ribosomale Peptid-Synthasen und 17 Terpenoid-Synthasen). Für die meisten dieser Gene ist kein zugehöriger Metabolit bekannt. Ein wesentliches Ziel des vorliegenden Projektes ist es durch funktionelle Genomik (mittels Gendisruption) und mittels hochentwickelter Metabolom-Analysemethoden solche neuen Suppressor-Metaboliten zu identifizieren. Wenn diese Substanzen verfügbar sind, soll ihr Wirkungsmechanismus in Modellpflanzen untersucht werden. Weites soll die Transkriptom-Veränderung nach Pathogen-Infektion bzw. Elicitor-Behandlung und Toxinbehandlung untersucht werden. Wir beabsichtigen Zuchtmaterial daraufhin zu untersuchen, ob die Fähigkeit bekannte und neue Fusarium-Metaboliten zu inaktivieren in unterschiedlichem Ausmaß ausgeprägt ist. Die Validierung von Kandidatengenen soll durch Analyse von Defektmutanten (aus dem Screening einer TILLING-Population) und durch Überexpression der Kandidatengene in transgenem Weizen erfolgen. Der interdisziplinäre Ansatz, der Forscher aus Gebieten wie Bioinformatik, funktionelle Pilzgenomik, Genomanalyse von Modell- und Nutzpflanzen bis zur Pflanzenzüchtung an einem Strang ziehen lässt, ist ein Alleinstellungsmerkmal dieses Projektes.
Bei der Verwendung von E.coli als 'Standard'-Wirtsorganismus für die Durchmusterung von metagenomischen Genbanken mit funktionsbasierten Screeningmethoden ist die Detektionsausbeute eingeschränkt auf solche heterologen Umweltgene, die in E.coli auch exprimiert werden. In diesem Projekt soll das extrem thermophile Bakterium Thermus thermophilus als alternativer Wirtsorganismus weiter entwickelt und dessen Potential für das funktionelle Screening von Umweltgenbanken nach Genen für industriell relevante Enzyme erkundet und eingesetzt werden. Weitere Ziele umfassen die Expression interessant erscheinender Gene, die Charakterisierung der davon kodierten Enzyme und die Auslotung der Anwendbarkeit dieser Enzyme für biotechnologische Prozesse. Vorgehensweise: Das neue Thermus Wirt/Vektor-System soll in verschiedenen Punkten verbessert werden (Optimierung der Transformationsmethodik; proteasefreie Stämme; Einsetzbarkeit sowohl bei hohen, als auch bei moderaten Temperaturen; verbesserte Selektionsmarker; Überexpression in Thermus). In einem vergleichenden Screening-Experiment soll ein und dieselbe Metagenom-Genbank in T.thermophilus und parallel (bei anderen Verbundpartnern) auch in anderen Wirtsorganismen nach Esterase-Genen durchforstet werden. Daneben soll das neue T.thermophilus Wirt/Vektor-System für die Suche nach anderen industriell relevanten Enzymen (z.B. Amadoriasen, Monooxygenasen) eingesetzt werden.
| Origin | Count |
|---|---|
| Bund | 67 |
| Type | Count |
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| Förderprogramm | 67 |
| License | Count |
|---|---|
| offen | 67 |
| Language | Count |
|---|---|
| Deutsch | 63 |
| Englisch | 16 |
| Resource type | Count |
|---|---|
| Keine | 52 |
| Webseite | 15 |
| Topic | Count |
|---|---|
| Boden | 42 |
| Lebewesen und Lebensräume | 64 |
| Luft | 30 |
| Mensch und Umwelt | 66 |
| Wasser | 36 |
| Weitere | 67 |