Die überblicksweise Überwachung dient der Bewertung des Zustands und langfristiger Veränderungen und wird in Schleswig-Holstein an den fünf großen Seen größer 10 km² Seefläche durchgeführt. Eine überblicksweise chemische Überwachung findet mindestens einmal in sechs Jahren statt. Bei der biologischen Überwachung der Seen liegt das Intervall bei einem bis drei Jahren.
Zur Bewirtschaftung der Oberflächengewässer besteht in Schleswig-Holstein eine Vorranggewässerkulisse. Diese umfasst unter anderem die ökologisch wertvollsten Seen bzw. solche mit dem besten Entwicklungspotenzial zur Zielerreichung nach EG WRRL. Für die Auswahl der Vorrangseen wurden alle 73 berichtspflichtigen Seen Schleswig-Holsteins größer 50 ha sowie einige Seen kleiner 50 ha, die als FFH-Lebensraumtyp gemeldet wurden berücksichtigt. Unter den 73 berichtspflichtigen Seen wurden 23 als Vorranggewässer ausgewählt, an denen notwendige Maßnahmen geplant und umgesetzt werden sollen.
Die vorliegenden Daten entsprechen den Darstellungen des Landschaftsrahmenplans-SH 2019. Unter Umständen sind mittlerweile aktuellere Datensätze verfügbar.
Diese Fachaufgabe bündelt Erkenntnisse aus Untersuchungen biotischer und abiotischer Parameter und schlägt übergreifende Maßnahmen zum Schutz und zur Regeneration von Seen vor. Diese fachlichen Grundlagen gehen in die Umsetzung der WRRL ein.