Nach § 19 des Atomgesetzes ist die Aufsichtsbehörde verpflichtet, den Betrieb von Kernkraftwerken in einer Weise zu überwachen, dass sie von der Einhaltung der rechtlichen Verpflichtungen der Betreiber überzeugt sein kann. Als Kontrollinstrument zur Überwachung der Einhaltung der in den Betriebsgenehmigungen festgelegten zulässigen Emissionen radioaktiver Stoffe und deren Auswirkungen auf die Umwelt des KGR sowie des Zwischenlagers Nord dient das Kernreaktorfernüberwachungsystem (KFÜ). Durch Beauftragung der zuständigen Aufsichtsbehörde (z. Zt. Umweltministerium M-V) wird das KFÜ durch das Landesamt für Umwelt, Naturschutz und Geologie Mecklenburg-Vorpommern (LUNG M-V) betrieben.
Die Kernanlagenüberwachungssoftware TIS stellt täglich autom. die Umgebungsüberwachungswerte der Meßstellen auf dem Betriebsgelände u. der Umgebung des KKW Greifswald, sowie des Zwischenlagers Nord mittels redudant ausgelegter Rechner bereit. Im Auftrag der Genehmigungs- und Aufsichtsbehörde (z.Zt. Umweltministerium M-V) werden diese Meßdaten täglich vom LUNG Außenstelle Stralsund abgerufen. Von den verfügbaren Informationen werden insbesondere die Emissionsgrößen der Kamine und sämtliche Immisssionsgrößen des Betriebsgeländes und der Umgebung kontrolliert, auf ihre Plausibilität geprüft und protokolliert. Diese Bestände an Original- und plausiblen Daten werden vom LUNG ständig vorgehalten und dienen als Grundlage für die weitere Aufbereitung, Zusammenstellung, Auswertung und Darstellung des Datenmaterials entsprechend aufsichtsbehördlicher Anforderungen. Aus plausiblen Werten der Emissions- u. Immissionsmeßstellen wird das Tagesprotokoll, sowie aus den verdichteten und bewerteten Daten die Monatsberichte erstellt.
Am stillgelegten Kernkraftwerk Obrigheim (KWO) werden noch Brennelemente gelagert, die für die weitere Zwischenlagerung in Castor-Behälter geladen werden sollen. Am Standort des KWO gibt es kein Zwischenlager für Castor-Behälter. Im Zwischenlager am nahegelegenen Standort des Kernkraftwerks Neckarwestheim (GKN) ist dagegen noch Lagerplatz vorhanden, der für die dortigen Brennelemente nicht benötigt wird. Die Einlagerung der Castor-Behälter mit Brennelementen des KWO im Standortzwischenlager GKN wurde genehmigt. Die Gemeinde Neckarwestheim hat in diesem Zusammenhang das Öko-Institut mit verschiedenen Untersuchungen beauftragt. Es soll geprüft werden, ob für diese Genehmigung eine Umweltverträglichkeitsprüfung hätte durchgeführt werden müssen. Weiterhin soll geprüft werden, ob alle sicherheitsrelevanten Untersuchungen im Genehmigungsverfahren durchgeführt worden sind. Außerdem soll die Vollständigkeit der Auflagen des Genehmigungsbescheids geprüft werden.
Das Öko-Institut führt im Auftrag der Bezirksregierung Köln die Prüfung und Begutachtung der Umweltverträglichkeit des AVR-Zwischenlagers für sonstige radioaktive Stoffe durch. Das AVR-Zwischenlager wird auf dem Gelände des Forschungszentrums Jülich errichtet. Darin soll der Reaktorbehälter des AVR-Forschungsreaktors über mehrere Jahrzehnte zum Abklingen gelagert werden. Der eigentliche Standort des AVR-Reaktorbehälters wird unterdessen zurückgebaut, wobei Sanierungsbedarf für den Boden durch vorhandene Strontium-90-Kontaminationen besteht. Auch dieses Projekt - Rückbau des AVR-Forschungsreaktors - betreut das Öko-Institut derzeit durch Begutachtung der Umweltverträglichkeit.